История группы началась летом 2005 года, когда Тимо Хаутамаки загорелся идеей создания симфоник-метал-группы, просматривая DVD финнов Nightwish. Он связался с участниками других своих проектов, а именно - с Хенриком Ньюманом, Йоке Иварссоном и Эриком Линдфорсом. Чтобы доукомплектовать состав, Тимо предложил сотрудничество Джои Карлссону и Мэри Фьяллстрём. Первое выступление Lapis Lazuli состоялось двумя месяцами позже, тогда группа исполнила свою первую песню под названием "Archangel".
Но уже после первого концерта Эрик заявил о своём нежелании продолжать работу в рамках Lapis Lazuli. Его место занял Тобиас Рходин, который до этого играл на гитаре вместе с Тимо и Йоке в группе Hatecrew. Такой состав продержался около двух лет, отыграв несколько концертов и выпустив демо-пластинку "Last Hour" в 2006 году. В 2007 году группа в основном выступала с Тимо в качестве вокалиста, так как Мэри жила за триста километров от основного места дислокации группы. Последний концерт с Мэри на вокале Lapis Lazuli отыграли летом 2007 года.
Этим же летом Тимо основал другой проект, названный Aftermath. С самого начала это должен был быть сугубо студийный проект, созданный для записи альбома и его рассылки по звукозаписывающим компаниям. У Тимо на уме уже была одна вокалистка по имени Мелисса МакДонелл, для которой он записывал партию клавишных на её демо, предназначенное для группы Nightwish, которая как раз искала вокалистку. Мелисса с радостью согласилась, и в 2008 году увидел свет дебютный альбом под названием "Tides of Sorrow". Скопировано с Dark-World.ru. К тому времени проект перерос в полноценную группу, и когда настало время отправляться в промо-тур, Aftermath наняли Хенрика в качестве сессионного басиста. По окончанию тура группа решила принять в состав постоянного ударника, им стал Йоке.
Последующие два года музыканты репетировали и работали над новым альбомом. Продвижение в работе замедлилось, когда Джои и Йоке были вынуждены переехать. Но летом 2009 года они вернулись, и работа возобновилась с небывалой страстью. Спустя некоторое время группа отправилась в студию, где записала альбом "My Mortal Stain". В 2010 году группа решила вернуть себе старое название Lapis Lazuli.
В 2011 году Мелисса была вынуждена покинуть группу, так как стало слишком сложно преодолевать дистанцию, которая разделяла её основное место проживания и место, где находилась группа. После ухода Мелиссы группа решила отказаться от релиза уже записанного альбома "My Mortal Stain", так как возникли некоторые разногласия между музыкантами. Помимо этого, группа уже была недовольна многими песнями, так как они были написаны давно и не совсем соответствовали тому курсу, который был взят командой в 2011 году.
В середине весны 2011 поиски вокалистки были завершены, и место за микрофонной стойкой заняла Фрида Эурениус. Её дебют состоялся в апреле 2011 года на фестивале Rockkarusellen. Несколько лет усердной работы над материалом привели к релизу сразу двух альбомов в 2011 году. В июне состоялся релиз альбома "A Loss Made Forever", в ноябре - "A Justified Loss". Таким "двойным ударом" музыканты решили реабилитироваться перед поклонниками за долгие годы молчания. В поддержку новых релизов Lapis Lazuli отправились в масштабное турне по странам Европы, охватив выступления на многочисленных фестивалях.